Een goede werking van het aangeboren afweersysteem is meestal onvoldoende om een infectie volledig te klaren. Het lichaam beschikt over een gespecialiseerd afweersysteem dat niet alleen zorgt voor een adequate afweer die specifiek is gericht tegen een bepaald micro-organisme, maar dat ook bij een tweede blootstelling de afweerreactie snel en doeltreffend op gang brengt doordat er geheugen is opgebouwd. In dit artikel worden de mechanismen van de cellulaire en humorale afweer besproken, en wordt gekeken naar enkele ziektebeelden die ontstaan door afwijkingen van dit afweersysteem zoals allergische reacties of transfusiereacties.